الفائق فی غریب الحدیث، زمخشری (م۵۳۸)
لسان العرب، محمد بن مکرم بن منظور (م۷۱۱)
مفردات فی غریب القرآن‏، حسین بن محمد بن المفضل، راغب اصفهانى(م۵۰۲)
کنکاش در این منابع، و شرح حال مؤلفان آنها، میتواند میزان اعتبار و اهمیت علمی این منابع را هویدا ساخته، پاسخگوی این سؤال باشد که آیا این آثار شامل اصلیترین منابع واژه​شناسی و فقه اللغه عرب محسوب میشوند یا خیر.
دومین دسته از منابع مورد استفاده استاد محقق حسن مصطفوی، شامل کتب اشتقاق و نیز کتب ادبی است؛ میزان کاربرد این منابع نسبت به دسته اول کمتر است.
- ادب الکاتب، ابن قتیبه دینوری
- الافعال، أبو القاسم علی بن جعفر السعدی معروف به ابن قطاع
- الشافیه فی التصریف، ابن حاجب
- شرح الشافیه ابن حاجب، جاربردی
- الفروق اللغویه، أبو هلال عسکری
- فرهنگ عبری به فارسی، سلیمان حییم
- فرهنگ عبری به فارسی، بن داوید
- فرهنگ تطبیقی، مشکور
- فقه اللغه، ثعالبى
- قاموس ترکی، سامی
- قاموس اللغه، فیروزآبادی
- قاموس عبریّ- عربیّ، حزقیل قوجمان
- کافیه فی النحو، ابن حاجب
- الکتاب، سیبویه
- الکلیات، ابو البقاء کفوی
- المفصل فی النحو، زمخشری
- معانی الحروف، رمّانی
- المعرب من الکلام الأعجمی، جوالیقى
- مغنی اللبیب، إبن هشام
- الاشتقاق و المقالات، علامه تبریزى، استاد مصطفوی در مقدمه ه التحقیق به صورت ویژه از آن یا کرده است.
دسته سوم از منابعی که آقای مصطفوی در التحقیق و به منظور تبیین برخی موضوعات و نکات مورد استفاده قرار دادهاند، کتابهای عمومی و مربوط به رشته های دیگری غیر از ادبیات و لغت است تعداد این تألیبات بسیار زیاد است و استاد مشخصات هر یک را در انتهای هر یک از چهارده جلد التحقیق که از آنها استفاده کرده است ذکر کرده است تعدادی از آنها عبارتند از:
کتب تفسیر نظیر:
- التبان، شیخ طوسی
- الکشّاف، زمخشری
- الصّافی، فیض کاشانی
روایی:
- بحار الانوار، علامه مجلسی
تاریخی:
- البدء و التاریخ، مقدسی
- العرائس، ثعلبی
- العرب قبل الإسلام، جرجی زیدان
- الکامل فی التاریخ، ابن اثیر
- مروج الذهب، مسعودی
- کتب عهدین: قاموس الکتاب المقدس، مستر هاکس؛ صموئیل؛ سفر التکوین من التوراه؛ انجیل یوحنّا؛ انجیل برنابا؛ انجیل متّی و…
گیاه شناسی:
- إحیاء التذکره، رمزی مفتاح
همچنین کتب:
- اصول علم الهیئه، فان دیک
- النجوم، پیروروسو
- تنزیه الأنبیاء، علم الهدی
- قاموس الأعلام، سامی
شایان ذکر است بنا به آنچه در مقدمه این بخش نیز به آن اشاره شد، بنا بر تأکید استاد مصطفوی، یکی از منابع اصلی استاد، «قرآن کریم» است. در مورد این منبع به ذکر نقطه نظرات مرحوم مصطفوی در فصل پیش پرداخته شد و در بحث تفسیر روشن در فصل بعد نیز مطالب دیگری خواهد آمد. منبع مورد استفاده استاد برای تعیین آیات کریمه، کتاب المعجم المفهرس لألفاظ القرآن، گردآوری شده توسط محمد فؤاد میباشد.

در ادامه نگاهی گذرا به تعدادی از سایر منابع اصلی مورد استفاده استاد مصطفوی داشته تا ویژگیهای منابع التحقیق بیشتر هویدا گردد.