۳۰۱TCGACTGCTCACTCATGTCACCCGCCATTATAGTACTATTCATTGTCATGATGTATTTGC
۳۶۱CACCATCAGCAACATTTGCACCACCTGATGGAGATATTAAAACCACCAATGAGAACACGA
۴۲۱AAGCCAAGAGAGGGTCGTTGGTGCAAAAATTGGCATTTTCACCACTCGGGTTTAACATCA
۴۸۱TCTTTGTAATAGTTGCCTGCATCACTGAAAGGAGAAGGCTCAGAAATGATCCACTCAACT
۵۴۱ TCTCAACCTTAAACATGATA
شکل ۳- ۲۴ توالی نوکلئوتیدی قطعه تکثیری پرایمر HKT1-3
۳-۹-۳-۱ موتاسیون­های حذف و اضافه نوکلئوتیدی در قطعه تکثیری پرایمر HKT1-3
آنالیز و مقایسه توالی نوکلئوتیدی قطعات تکثیری پرایمر HKT1-3 در ژنوتیپ­های مورد مطالعه نشان داده است که هیچ یک از این ژنوتیپ­ها در قطعه مورد نظرحامل موتاسیون حذف و اضافه نبوده­اند. اما انواع دیگری از موتاسیون­های نوکلئوتیدی در این قطعه مشاهده شده که جزئیات آن­ها در جدول ۳- ۲۵ ارائه گردیده است. در این جدول تعداد کل بازهای قطعه تکثیری پرایمر HKT1-3 در کلیه ژنوتیپ­های آزمایشی که توالی آن­ها با یکدیگر مقایسه شده­ است ۶۲۶۰۹ نوکلئوتید بوده است که ۱۴۴ نوکلئوتید از آن دچار موتاسیون شده ­اند. این تعداد موتاسیون در ۴۹ موقعیت مکانی از این قطعه ژنومی یافت شده و فقط یک موتاسیون از نوع هموزیگوت بوده است.
جدول ۳- ۲۵ تعداد انواع موتاسیون­های نوکلئوتیدی در قطعات تکثیری پرایمر HKT1-3

۳-۹-۳-۲ نقشه هضم آنزیمی قطعه تکثیری پرایمر HKT1-3
نقشه هضم آنزیمی قطعه تکثیری پرایمر HKT1-3 در شکل ۳- ۲۵ ارائه شده است. در این نقشه دو محل برشی برای آنزیم EcoRI در محل­های نوکلئوتیدی ۱۵۴ و ۲۴۱ مشاهده می­گردد. با بررسی و مقایسه این دو محل برش آنزیمی و مکان وقوع موتاسیون­ها در این قطعه مشخص گردید که هیچ یک از این محل­های هضم آنزیمی در مکان موتاسیون نوکلئوتیدی واقع نشده­اند.

شکل ۳- ۲۵ نقشه هضم آنزیمی قطعه تکثیری پرایمر HKT1-3
۳-۹-۴ آنالیز قطعه تکثیری پرایمر HKT1-4
قطعه تکثیری پرایمر HKT1-4 به طول bp 490 با هم پوشانی قطعه ماقبل خود برای تکثیر بخش انتهائی توالی بیان شده ژن HKT1 استفاده گردید. این قطعه دارای انواع موتاسیون­های نوکلئوتیدی بوده که مشخصات آن­ها در زیر آورده شده است. همچنین، توالی نوکلئوتیدی این قطعه ژنومی در شکل ۳- ۲۶ نشان داده شده است.
۱AAGCCAAGAGAGGGTCGTTGGTGCAAAAATTGGCATTTTCACCACTCGGGTTTAACATCA
۶۱TCTTTGTAATAGTTGCCTGCATCACTGAAAGGAGAAGGCTCAGAAATGATCCACTCAACT
۱۲۱TCTCAACCTTAAACATGATATTCGAGGTCATCAGCGCATATGGCAATGTAGGGTTATCCA
۱۸۱CTGGTTACGGTTGTTCTAGGCTGCATCAGCTGCACCCAGAGATCATCTGCCAGGACAAGC
۲۴۱CATACAGCTTTTCTGGATGGTGGAGTGACGGAGGGAAGTTTGTGCTAATCTTGGCCATGC
۳۰۱TCTATGGAAGGCTTAAGGCCTTCACGATGACCATGGGTAAATCCTGGAAAGTATGATACA
۳۶۱AGTGACCAAGATTACTTGGAAAGGCAAATGTACCAAATTGGTACAGCTATCACTAGTGTA
۴۲۱CTGCCTGAAGAATCAGGTTTCTAATTGGGTTATAGTTTGTGGATGTTGCGCTTGCAAGGA
۴۸۱ CAAGCTTCAG
شکل ۳- ۲۶ توالی نوکلئوتیدی قطعه تکثیری پرایمر HKT1-4
۳-۹-۴-۱ موتاسیون­های حذف و اضافه نوکلئوتیدی در قطعه تکثیری پرایمر HKT1-4
مقایسه و آنالیز توالی نوکلئوتیدی قطعه تکثیری پرایمر HKT1-4 در ۹۶ ژنوتیپ آزمایشی، وجود موتاسیون حذف و اضافه در یک ژنوتیپ را نشان داده است. این موتاسیون شامل حذف ۴ باز نوکلئوتیدی در این قطعه ژنی از ژنوتیپ شماره ۸۱ بوده است. شکل ۳- ۲۷ محل حذف نوکلئوتیدها را در مقایسه دو کروماتوگرام متعلق به ژنوتیپ­های شماره ۸۱ و ۹۱ نشان می­دهد. همان گونه که در شکل ملاحظه می­گردد در محل نوکلئوتیدهای شماره ۵۲ الی ۵۶ در کروماتوگرام اول که متعلق به ژنوتیپ شماره ۸۱ می­باشد به ترتیب بازهای GTTAA با بازهای TCCAC جایگزین شده و حذف گردیدند. در حالیکه در کروماتوگرام دوم که متعلق به شاهد می­باشد ترتیب بازی در این مکانهای نوکلئوتیدی TCCAC بوده و هیچ گونه حذف نوکلئوتیدی صورت نگرفته است.
شکل ۳- ۲۷ کروماتوگرام­ ژنوتیپ­های شماره ۸۱ (شکل بالا) و ۹۱ (شکل پائین)
آنالیز توالی نوکلئوتیدی این قطعه ژنومی در کلیه ژنوتیپ­های آزمایشی همراه با شاهد با نرم افزار CodonCode Aligenr نشان داد که انواع دیگری از موتاسیون­های نوکلئوتیدی در این قطعه ژنی از ژنوتیپ­های مورد مطالعه مشاهده شده که مشخصات آن­ها در جدول ۳- ۲۶ ارائه شده است. نتایج حاصل از این آنالیز نشان داد که مجموع تعداد بازهای متعلق به تمام قعات تکثیری پرایمر HKT1-4 در همه ژنوتیپ­های مورد مطالعه ۶۰۱۵۳ نوکلئوتید بوده است که ۲۲۵ نوکلئوتید از آن دچار تغییرات موتاسیونی شده ­اند. این موتاسیون­ها در ۶۹ موقعیت مکانی از این قطعه تکثیری به وقوع پیوسته و ۷ موتاسیون از ۲۲۵ موتاسیون نوکلئوتیدی از نوع تغییرات هموزیگوس بوده است. یعنی موجب قرار گیری نوکلئوتیدهای مشابه در مجاورت یکدیگر گردیده است.
جدول ۳- ۲۶ تعداد انواع موتاسیون­های نوکلئوتیدی در قطعات تکثیری پرایمر HKT1-4